ここは平和で豊かな場所、プハキ平原。そこではいつもの様に昼寝中。いったい誰だろうか？・・・ピンク色で丸い生き物(？)、そう、カービィだ。しかしこの日はいつもと違った。悪夢を見ていたのだ。夢では、場所は分からないがこの国のお姫様、プハキ姫が何者かに捕まって叫んでいた。
「誰か助けて〜！」
びっくりしてカービィは起き上った。
─今のはいったい・・・助けに行かなきゃっ！─
同じころ、ハイラル村では緑色の服を着た子供のリンクが、にわとりコッコの知らせを受けていた。デクの樹様が呼んでいる。
行ってみると、これを見てくれとの一言で、不思議な力で何かの映像を見せてくた。そこは、プハキ城のようだ。よく母さんが話してくれた所である。しかし、普通ではなく、辺りは暗黒に包まれていたのだ。しかもそこに女の人が牢に入っているのだ。ここで映像が途切れた。
「ワシはもう年だから細かく突き止める事はできん様だ」デクの樹様は続けた。
「行って様子を見てくれんかのう・・・」
リンクはうなずいた。
そしてもう一箇所ではキノコアイランドで、赤い帽子と緑の帽子の二人組、そしてヒゲを生やしている人にも同じような事がおきた。おなじみ、マリオとルイージだ。何かのひょうしに、二人の頭はぶつかった。
ガッツーン！！二人の頭の中に、変なものが浮かんできた。場所は分からない。女の人が叫んでいる。その隣に立っているのは・・・
クッパじゃないか！そして、
ガノンドロフも！手を組んだのか！？二人は目を覚ました。
「痛いじゃないか・・・、兄さん」とルイージ。
「いっ今はそれどころじゃないだろ！・・・
痛い」
「そうだった。今すぐ行かないと！！大変な事になりそうだよ。」ルイージが言った。
「それじゃあ今すぐ出発だ。プハキ平原にでも行ってみよう！」マリオが言った。
こうして、３人の冒険が始まったのだった。ちょっと待った！ルイージを忘れてる・・・おっと悪い、悪い。